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●tomoさん：
いらっしゃいませ。
> ASコンフィグレーション時に、nSTATUS、CONF_DONE、nCONFIGはプルアップ、nCEはプルダウンとなっています。
> これは、通常動作時もこのままでいいのでしょうか。
> コンフィグレーションROMを使う場合も教えてください。
CycloneII（というかALTERAのFPGA全般）では、コンフィグレーション系のピン（nSTATUS,CONF_DONE,nCONFIG）は
どのコンフィグモードの場合でもVCCIOへプルアップしておけばＯＫです。
ASモードの場合、コンフィグレーション時はCycloneがマスタになるのでEPCSコンフィグROMが必須です。
このとき、EPCSコンフィグROMにデータを書き込むためにASDIコネクタ（とnCEのプルダウン）が使われます。
今はJTAGからEPCSコンフィグROMを書き換えることができるので、ADSIコネクタを使う機会は減っていますね。
その他詳細はこの辺の資料を参考に。
→ http://www.altera.co.jp/literature/hb/cfg/cyc2_cii51013_j.pdf
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